《万古最强宗》的剧情如下：
在一场特殊的科学实验后，君常笑带着系统穿越到了星陨大陆，继承了一个默默无名的小门派——铁骨铮铮派。他面临着艰巨的任务，必须在一百年内将宗门建设成星陨大陆的NO.1，并且收徒达到十万，否则系统将会自爆，他也会性命不保。
为了完成目标，君常笑积极地开展“开宗立派”的工作，努力教习收徒。门派最初只有他一个人，后来慢慢发展，人数逐渐增多。
在他的带领下，众人一起盖房种地、抓鸡找狗，同时还要维护一方安宁，随时随地锄强扶弱。
君常笑的徒弟们性格各异。其中，随便招来的高冷女弟子深藏不露，路上闭眼救的男弟子竟是第一天才，看似废物的小弟实则是陨落的天才。
在发展宗门的过程中，系统从多方面给予助力。例如提供新手大礼包的符咒、开辟任务系统、提供门派功法购买以及贡献度兑换经验等方式来提高实力。
门派里的大师兄虽是千年难遇的奇才，但被君常笑忽悠来做了大管家，负责操办门派诸多事务；大师姐背后有复杂身份和恩怨，性格高冷毒舌，常怼掌门。
君常笑和性格各异的徒弟们形成了一个温馨的大家庭，大家在活泼积极的氛围里相互扶持，快速成长。然而，他们还要面对来自各大势力的挑衅与压迫。
在这个过程中，君常笑的修为达到了天机镜，他有着众多身份，如天谕学府名誉导师、万古最强宗的宗主、星陨大陆据点之主、星陨大陆武盟盟主、石像族族长、万古界界主等。
他整合了上层宇宙和下层宇宙，将万古域打造成了武道圣地并统一境界划分。
最终，君常笑携妻子花玫瑰前往其他宇宙寻找药材造娃。副宗主袁峯在宗主和宗主夫人游山玩水时打理万古宗。太长老太玄散人（太玄老人）成为万古宗研究阵法和机甲的工具人，在“天魔皇篇”研究护界大阵抵挡天魔皇第一波攻击。首席长老顾朝夕因针对上界界堂，被界堂判定为“叛逆者”，拥有沧海系三十二种灵体的轮回之灵，死亡后轮回重生且实力变强。
