《青之箱》的故事发生在初高中一贯制的体育强校永明学园。主角猪股大喜是该校男子羽毛球部的成员，他每天早上都会在体育馆碰到独自练习的女子篮球部前辈鹿野千夏，并逐渐爱上了对方。
具体剧情如下：
1. 鹿野千夏在全国大赛中惜败，她没有气馁，而是越发努力地训练，想要冲进下一次全国大赛，这激励着猪股大喜也努力训练。
2. 新学年开始，猪股大喜与针生学长组成羽毛球双打搭档，地区预选赛临近，一切顺利进行时，出现了新的情敌。
3. 蝶野雏在面对周围压力时，视线前方总是平常的大喜。ih县预选赛即将开始，猛力特训的成果即将接受考验。
4. 千夏照顾身体不适的大喜时不慎摔倒，两人距离急速拉近。暑假来临，烟花大会将至，雏鼓起勇气邀请大喜。
5. 烟花大会上，千夏和大喜相遇并一起送回迷路的孩子，回到独自等待的雏身边。之后羽毛球 ih 正式比赛开始，针生挑战与宿敌兵藤的比赛。
6. 暑假快结束的8月26日是千夏的生日，她感受到被选为副队长的压力，朋友为其庆祝但她却无精打采。大喜乘电车带她去海边，为其加油鼓劲。
7. 与佐知川高中的练习赛确定，大喜重新审视自己，想起惜败县预选的记忆和未去 ih 的遗憾，为超越过去，他挑战与游佐再战。
8. 大喜在班级剧中获得王子角色代演，演出时发生意外。文化祭结束后，体育馆吹起崭新的风。
9. 秋季联合集训开始，大喜忍受更严格的练习，脑中满是千夏和雏的事。集训最后一晚，大家开始篝火晚会时，大喜和雏有了独处的瞬间。
10. 两人单独约会回家途中，大喜和千夏遥望黄昏时遇到原女子篮球部的老朋友梦佳，梦佳对千夏说出尖酸的话，原来千夏和梦佳有着不为人知的过去。
11. 梦佳用从大喜中得到的门票去看千夏的比赛，想起喜欢篮球的自己。圣诞夜来临，大喜在体育馆装饰圣诞树时，比赛结束后的千夏来了。
12. 千夏和大喜在不同地方度过寒假，虽解除了同居关系但彼此思念。新年伊始，大喜来长野参加羽毛球部的滑雪旅行，期待见到千夏时收到她的留言。
13. 迎来16岁生日的大喜期待千夏的礼物，却发生了意想不到的意外。一年级大会开始，为再战佐知川高中的游佐，大喜迎来特训。
14. 情人节将至，菖蒲特意为匡制作巧克力并鼓起勇气传达心意。季节流逝，樱花飞舞的新学期开始，加入羽毛球部的新生似乎与意想不到的人物有关系。
15. ih 预选临近，大喜为重新审视自己的课题决定借助某人的力量。女子篮球部先一步开始预选，因千夏的活跃顺利晋级，她们将和梦佳率领的彩昌高中对决。
16. 千夏守望下，大喜顺利通过单打预选进入半决赛，对手是一直努力追赶的前辈针生，两人都为参加 ih 而努力，前辈和后辈的想法相互碰撞。
17. 定期考试结束，暑假正式开始，大喜和千夏一起享受烟花大会时遇到同学，为不暴露关系他们采取别的行动，千夏来到大喜身边。
这部作品以青春、爱情和体育为主题，描绘了少年少女们在追逐梦想的道路上的成长与情感故事。
